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Dr. Andreas Götz: News

18. Juli 2016
Willkommen, Yu-Ching Hu! Yu-Ching ist ein Masterstudent in Materialwissenschaften an der UCSD. Er wird 2 Monate mit uns am SDSC verbringen um Quantenchemie, Molekulardynamik und wissenschaftliches Programmieren zu lernen. Yu-Ching wird das DFTB+ Programm an das AMBER Programmpaket koppeln, um effiziente Berechnungen mittels QM/MM Methoden zu ermöglichen.
04. Juli 2016
ICPP-9 in Nanjing, China: Andreas wurde eingeladen, um im Symposium "Theory and Spectroscopy" einen Vortrag über seine neuesten Forschungsergebnisse zu halten. Andreas erklärt, wie mittels quantenchemischer Berechnungen und Molekulardynamiksimulationen Erkenntnisse über Reaktionsmechanismen und Transportwege innerhalb des Enzyms Cytochrom c Oxidase gewonnen werden können.
01. Juli 2016
Johannes Brust (Doktorand in angewandther Mathematik, UC Merced) ist zurück am SDSC! Für 6 Wochen werden wir an Optimierungsverfahren, damit zusammenhängenden Eigenwertproblemen, und deren Einsatz zur Berechnung der Elektronenstruktur von molekularen Systemen arbeiten.
20. Juni 2016
Erwin Ni, Ryan Nemiroff und Jamie Smith beginnen ihr zweimonatiges Praktikum im Rahmen des REHS Programms am San Diego Supercomputer Center. Erwin führt Molekulardynamiksimulatioen einer Enzymreaktion durch; Ryan führt systematische numerische Tests durch, um die Qualität von Basissätzen basierend auf Slaterfunktionen für quantenchemische Berechnungen von intermolekularen Bindungsenergien zu bestimmen; Jamie modernisiert das automatische Build-System des Amber Programmpakets indem er es von handgeschriebenen Makefiles auf CMake umstellt.
2. Mai 16
Pressemitteilung des SDSC über unser Buch "Electronic Structure Theory on Graphics Processing Units". Auch erschienen als UCSD Pressemitteilung und berichtet bei HPCWire.
14. April 2016
Unser Buch Electronic Structure Calculations on Graphics Processing Units ist erschienen. Schön, das erste Exemplar in den Händen zu halten! Ich habe in Kapitel selbst beigetragen und bei zwei weiteren mitgewirkt. Und wir haben viele ausgezeichnete Beiträge von hervorragenden Wissenschaftlern und Softwareentwicklern.
13. März 2016
Die ACS Konferenz findet in San Diego statt - Ich bin Organisator eines Symposiums mit dem Titel "Computational Chemistry Across Catalysis" (gemeinsam mit Dion Vlachos von der Universität Delaware und Carine Michel und Philippe Sautet von der ENS Lyon).
1. Februar 2016
Rodrigo Ferreira de Morais von der ENS Lyon in Frankreich ist für 3 Wochen zu Besuch um über die AMBER Molekulardynamiksoftware zu lernen und an der Emtwicklung eines Kraftfelds für die Simulation von Biomolekülen in wässriger Lösung auf Platinkatalysatoroberflächen zu arbeiten.
25. November 2015
Auf Besuch in Mexiko - Andreas ist auf einem einwöchigen Forschungsaufenthalt am Instituto Politecnico Nacional in Mexico City und h&uauml;lt zwei Vorträge am Institut für Physik und Mathematik. Ein Vortrag ist über aktuelle Forschungsarbeiten, der andere Vortrag richtet sich an ein breiteres Publikum und gibt auch einen Überblick über Supercomputing am SDSC.
20. Oktober 2015>
UCSD veröffentlicht eine Pressemitteilung über unsere Arbeit zur Aufklärung von Mechanismen mittels derer Cisplatin die Entstehung von Krebs durch Inhibierung der Proteinkinase MEK1/2 verhindern kann. Unser Beitrag sind quantenchemische Berechnungen zur Modellierung der Bindungsaffinität.
12. Oktober 2015
Auf Besuch in Europa - Andreas nimmt an einem DFTB workshop in Bremen teil und besucht im Rahmen einer internationalen Zusammenarbeit zur Entwicklung von Multiskalenmodellen für Katalysatoren das chemische Institut der École Normale Supérieure in Lyon, Frankreich.
12. August 2015
Andreas Götz unterrichtet den Kurs "GPU Computing and Programming" als Teil des SDSC Sommerinstituts.
14. Juli 2015
Unser UC MEXUS Forschungsprojekt zur Multiskalenmodellierung von Donor-Akzeptor Strukturen zum Design von organischen Solarzellen wurde genehmigt. Das Projekt ist eine Zusammenarbeit mit Prof. Juan Rodriguez (IPN, Mexiko City), wird gemeinsam von UC MEXUS und CONACYT finanziert, und unterstützt Studenten und Doktoranden und ermöglicht Auslandsforschungaufenthalte in La Jolla / Mexiko City.
22. Juni 2015
Johannes Brust (UC Merced) beginnt ein 2-monatiges Praktikum im Rahmen des UC Graduate Fellows Programms. Johannes ist Doktorand in angewandter Mathematik bei Prof. RF Marcia und entwickelt nichtlineare Optimierungsverfahren für große Probleme.
22. Juni 2015
Grace Li und Ryan Nemiroff beginnen ein 2-monatiges Praktikum im Rahmen des REHS Programms. Grace und Ryan werden an Molekulardynamiksimulationen von Enzymreaktionen zur Gewinnung von Biokraftstoff mittels QM/MM Methoden arbeiten.
20. Mai 2015
Andreas Götz hält einen Vortrag über Computersimulationen des lebenswichtigen Enzyms Cytochrom c Oxidase (CcO) auf der CanBIC-5 Konferenz über bioanorganische Chemie in Kanada. CcO reduziert Sauerstoff zu Wasser und nutzt die dabei gewonnene Energie, um Protonen über durch Zellmembranen zu transportieren.
7. Mai 2015
Andreas Götz unterrichtet Programmierung von Graphikprozessoren mit CUDA in Mike Norman's Kurs über paralleles Programmieren.
15. Januar 2015
Andreas Götz bekommt NSF Fördermittel für das Projekt International Collaboration in Chemistry: Multiscale Simulations of Bifunctional Catalysis. Die internationale Forschergruppe um Andreas Götz, Dion Vlachos (Universität Delaware) und Philippe Sautet, Carine Michel und Paul Fleurat-Lessard (ENS Lyon), entwickelt Computermodelle, mit deren Hilfe katalytische Prozesse zur Gewinnung von erneuerbaren Rohstoffen aus Pflanzenmaterial besser verstanden und in Folge optimiert werden können.
01. September 2014
Inauguration des Intel Parallel Computing Center am SDSC unter gemeinsamer Leitung von Ross Walker, Amit Majumdar und Andreas Götz. Das Center wir sich mit Softwareoptimierung fü neue Intel Prozessorarchitekturen beschäftigen. Im Fokus liegt Software aus den Lebenswissenschaften fü Molekulardynamiksimulationen (AMBER), QM/MM Multiskalensimulationen (AmberTools), und Simulationen von Neuronen (NEURON). Das Center bietet auch Training Programmiertraining an.
11. Juni 2014
Das Magazin "Future Medicincal Chemistry" berichtet über unsere Software zur Multiskalensimulation mittels QM/MM-Methoden (Future Med. Chem. (2014) 6, 603, Artikel auf letzter Seite).
05/28/14
Pedro Bello-Maldonado, MSc in Elektroingenieurwesen von der Florida International University, beginnt ein 10-wöchiges Praktikum im Rahmen des "XSEDE student summer engagement" Programms. Pedro wird die Skalierbarkeit der QM/MM Implementierung in AMBER auf Parallelprozessoren verbessern. Nach seinem Praktikum beginnt Pedro eine Promotion an der University of Illinois, Urbana-Champaign.
19. Februar 2014
UCSD veröffentlicht eine Pressemitteilung über unsere Softwareentwicklungen zu Multiskalen-QM/MM-Simulationen. Ich bin besonders stolz, dass Matthew Clark zu dieser Arbeit beigetragen hat. Matthew hat als Schüler und Student Praktika bei uns am SDSC absolviert.
15. Januar 2014
Unsere Forschung über Software zur Multiskalensimulation mittels QM/MM-Methoden hat es auf die Titelseite des Journal of Computational Chemistry geschafft (Ausgabe vom 15. Januar).
5. November 2013
GPU Computing Event findet am 5. und 6. November am SDSC statt (Symposium und Workshop über Technologie, Tools und Forschung von Pharma bis Geophysik). Organisiert von Andreas Götz und Ross Walker (Co-Direktoren des CUDA Teaching Center am SDSC), gemeinsam mit Jon Saposhnik (NVIDIA).
9. Oktober 2013
Noch mehr gute Nachrichten: Der Nobelpreis in Chemie wurde verliehen "für die Entwicklung von Multiskalenmodellen für komplexe chemische Systeme". Glückwunsch für die Auszeichnung. Ein großer Tag für mein Forschungsgebiet!
3. Oktober 2013
Gute Nachrichten: SDSC erhält 12 Millionen US $ für die Entwicklung des "Comet" Supercomputers.
28. Juli 2013
Rechenzeit auf SDSC Gordon und TACC Stampede Supercomputer bewilligt - 755k SUs für QM und QM/MM Simulationen von biomolekularen Systemen.
24. Juli 2013
Rahul Nori und Keshav Tadimeti haben ihre Forschungsergebnisse auf der XSEDE 13 Konferenz vorgestellt. Themen waren numerische Modelle für MD Simulationen auf GPUs und Energieverbrauch von MD Simulationen auf CPU und GPU basierten Plattformen (eine Simulation, die mit CPUs ein Äquivalent von 10 Liter Öl verbraucht, benötigt lediglich einen halben Liter mit GPUs!)
25. Juni 2013
Rechenzeit auf SDSC Gordon Supercomputer bewilligt - 40k SUs für ein Studentenprojekt (REHS 13: New QM/MM Approaches for High Performance Molecular Dynamics Simulations of Condensed Phase Biological Systems).
24. Juni 2013
Stephen Clark beginnt ein 7-wöchiges Praktikum im Rahmen des REHS 13 Programms am SDSC. Stephen wird an der Erweiterung von QM/MM Code in AMBER arbeiten.
06/07/13
07. Juni 2013
Rechenzeit auf TACC Stampede Supercomputer bewilligt - 100k SUs für ein Studentenprojekt (XSEDE student engagement: Effect of numerical noise on molecular dynamics simulations of enzymes).
04. Juni 2013
Rahul Nori, Doktorand in Scientific Computing an der Universität von North Dakota, beginnt ein 10-wöchiges Praktikum im Rahmen des "XSEDE student summer engagement" Programms. Rahul wird den Effekt von numerischem Rauschen auf Molekulardynamiksimulationen untersuchen.
03. Juni 2013
Zeitungsartikel in der Nürnberger Zeitung über das Leben und die Arbeit von Andreas Götz in San Diego erschienen.
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letzte Änderung: 2016/08/23